2019年初，国家发改委启动区域医疗中心建设试点工作，经过积极争取，郑州儿童医院成为首批试点单位。目标是通过3-5年努力，充分利用国家儿童医学中心、北京儿童医院优质资源，建成国内一流、国际知名的高水平现代化国家儿童区域医疗中心、国家儿童医学中心河南分中心，辐射带动区域儿科事业高质量发展，降低区域患儿外转率，逐步实现“儿童大病不出省”目标。

2020-2021年，国家拟安排5亿元资金支持试点项目建设，根据国家支持方向和医院发展实际，郑州市拟投资10.8亿元建设国家儿童区域医疗中心项目。该项目于2019年12月获批立项，主要建设内容包括：南院区（郑州测绘学校老校区）装修改造、医院整体信息化、科研平台建设和大型医疗设备添置等，目前，已落实项目建设资金5.22亿元。